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スパコン

日本発の小児がん解析分散コンピューティングプロジェクト 51

ストーリー by hylom
参加者受付中、 部門より

kurage 曰く、

BOINCを利用した分散コンピューティングプロジェクト「World Community Grid」において、日本発の新規プロジェクト「ファイト!小児ガン」が開始されました。

このプロジェクトは千葉大学千葉県がんセンターが連携して行うもので、難治性の小児がんである神経芽腫に対する新しい治療薬を発見することを目的としています。WCGのサイトによるとこの計算には8000年を超えるコンピュータ時間が必要となりますが、分散コンピューティングによる並列処理を行うことで2年以内に完了することができるとの事です。

グリッドへの参加登録はグリッドへの参加登録ページから行えるので、興味のある方はどうぞ。

この議論は賞味期限が切れたので、アーカイブ化されています。 新たにコメントを付けることはできません。
  • by Fatalwedge (6623) <fatal@fuurai.org> on 2009年03月16日 16時32分 (#1531732) 日記

    ワシワシ協力するよ!何故なら娘が似たような小児がんで厳しい思いをしたからだ。

    以前SETI@Homeに参加してた時はまさに雲を掴むようなプロジェクトに対してモチベーションが維持できず
    (当時のPCパワーが“余剰”と言えるほど潤沢でなかったこともあり)
    いつしかクライアントをインストールすることもなくなってしまいましたが、
    これは明確なゴールが存在しているので参加のし甲斐もありそうです。

  • 参加したいね (スコア:3, すばらしい洞察)

    by suntear (11933) on 2009年03月16日 18時31分 (#1531773) ホームページ 日記
    Windows 7 Starter Edition で。………という冗談はさておき、公にボランティアを呼びかけておいて、成果に対する権利を製薬会社が特許申請したりしないだろうな。
    • Re:参加したいね (スコア:3, 参考になる)

      by Anonymous Coward on 2009年03月16日 20時35分 (#1531828)

      World Community Gridの結果は、すべてパブリック・ドメインとなります。
      http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewAboutUs.do [worldcommunitygrid.org]

      親コメント
    • 参加歓迎! (スコア:1, 参考になる)

      by Anonymous Coward on 2009年03月16日 23時54分 (#1531955)

      チームはどこにしても良いけど、とりあえず国籍登録は忘れずにお願いします
      日本はPCの普及率の割にメンバー数 [worldcommunitygrid.org]が少ないので…ご協力お願いします

      親コメント
    • by Anonymous Coward

      何か問題でも?
      特許とは、発明や発見、創意工夫を広く世に公開するための制度です。
      成果が多くの特許となり、リーズナブルなコストで広くライセンスされると良いですね。

      • by Anonymous Coward
        まぁまぁ、嫌儲厨に何を言っても仕方ないですよ。
  • TANPAKU [wikipedia.org]が日本最初じゃないのかな?

    # BOINC前から動いていた?とか?

    --
    M-FalconSky (暑いか寒い)
    • by phenix (31258) on 2009年03月16日 17時06分 (#1531743)

      日本発のtypoじゃないかな

      親コメント
    • by nanja (26525) on 2009年03月16日 17時10分 (#1531746) 日記

      タイトルは日本発なので,誤植かと思いますが,

      分散コンピューティングプロジェクト「BOINC」において、日本初の新規プロジェクト「ファイト!小児ガン」が開始されました。

      の部分自体,

      BOINCを利用した分散コンピューティングプロジェクト「World Community Grid」において、日本発の新規プロジェクト「ファイト!小児ガン」が開始されました。

      といった方が正しいような.

      あと,ファイト!小児ガンに参加するためには,上記のグリッドへの参加登録ページからグリッドに参加するのに加えて,グリッド内プロジェクトのHelp Fight Childhood Cancerに参加する必要があるかと思います.
      もっとも,デフォルトでは全てのプロジェクトに参加するになっていたと思いますので,そこまで意識する必要はないかもしれません.

      親コメント
      • Re: (スコア:0, オフトピック)

        ご指摘ありがとうございます。「日本初」だと思っていました。

  • Linux版のシステム要件 [worldcommunitygrid.org]を確認したらGUI必要そうなので走らせられずorz

    --
    -- やさいはけんこうにいちば〜ん!
  • 想像以上に (スコア:1, すばらしい洞察)

    by Anonymous Coward on 2009年03月16日 21時05分 (#1531859)
    この手のプログラムが電気代を食うので、
    ずいぶん前にやめてしまいました。

    目に見えた成果事例が何かあれば、またやってみたいと思うんですが
    「○○の結果、新薬できたよ!」みたいな話を聞かないので…。

    #宇宙人が居なかったのは、仕方ないと思いますが。
    • >#宇宙人が居なかったのは、仕方ないと思いますが。
      いなかったんじゃない!!今回は見つからなかったんだ!!!

      というのはさておき、「CPUの余剰能力を」って謳い文句はもう無理ですよね。
      こーゆーの走らせてたらCPUの省電力機能とか使えないわけですし。

      しかも信頼ならないクライアントのために結構な冗長性を持たせたりしてるんじゃないでしょうか。こーゆーのって。
      金銭面のコストは「ボランティア」ということで安上がりで、トータルの処理能力はとても高いらいしけれど、それぞれのノードで少しずつだからカウントされてない電力による環境負荷ってどんなもんになるんでしょ。
      そして、その環境負荷と成果の割合は、単体のスパコンのそれと比べてどうなんでしょう。

      極端な話、余剰能力どころか、パソコン使うわけでもないのにこれのためだけにとりあえず電源入れっぱな人とかもあり得るわけで、なんだか実は結構コストパフォーマンスはあんまりよろしくないとかいうことって無いんでしょうか。

      # 病気の治療薬を見つけるぞ!とか宇宙人を見つけるぞ!とか、
      # とても興味深くてついつい手を出してしまうんですが、これが気になる。

      ## 夜間電力を使うと精神衛生上よろしいかもしれんな。

      ### 夜だけパソコンつけっぱなしとかテレホーダイを思い出して悲しくなるな。

      親コメント
      • by Anonymous Coward
        夢の無いやつだ
        • なんで?

          おもしろいから手を出してるけど、実際コストはどうなんだろうと考えただけでしょ。

          今あるものの利点だけ考えて飛びついて、あるかもしれないデメリットを無視するなんて改善への意識なさ過ぎじゃない?

          親コメント
          • by Anonymous Coward

            結局、誰かの為に考える訳じゃなく
            自分が楽しいか、面白いかだけでしか判断できないんでしょ?
            やめれば?

            #うざいわ

            • こーゆーのって、純粋な善意だけではたいした力が集まらないから、人の興味を引くような方法で力を集めてるんじゃないんですかね。
              ポイント制であるとか、もっと前はプレステが当たるとかもありましたよね。

              UDのがん研究プロジェクトの頃にはteam2chに参加していましたが、自分の成果なんて全体の中の小さなものだけど、それでも世界一のチームの中の一部であることがなんかうれしくて、退役したノートとかもUD専用機で動かしてたりしました。
              あなたの言うとおり、誰かのためとかじゃなくて自己満足だけですが、それをやってることで誰かのためになる成果が得られるのだから、それでいいんじゃないですかね。
              参加者みんなが善意の元に行動してるわけじゃなくても、その行動そのものが善意の目的達成に近づくものであれば。

              あなたがどんな善人で、善意だけでこういうことに協力する人なのか知りませんが、
              おもしろいからやってるという人を否定してやめさせたら、参加者半減どころじゃ済まないんじゃないかと思います。

              親コメント
              • by Anonymous Coward

                手段の為に目的を選ばない、っていうならなおさらコストがどうとか
                つまんねーこと言うなよ。自分で言ってることおかしいと思わない?

                図星を理論武装して否定したい気持ちもわかるが別に自己満でいいなら
                見当違いでしたごめんなさいでいいじゃんwたのしけりゃいいんだろ?

      • by Anonymous Coward
        たとえば、CPU負荷10%時の消費電力が50Wで、CPU負荷100%時の消費電力が100Wだとしましょう。

        分散コンピューティングのためだけにPCの電源を入れた場合の消費電力は100Wです。
        他の用途で使われているPCのアイドルタイム(90%)を借用した場合の消費電力は増加分の50Wだけで済みます。
      • by Anonymous Coward
        単体のスパコンとその電力等をまかなえる予算がないのかもしれない。グリッドよりスパコン買ったほうが環境負荷的に有利という理由で予算がつくのであれば、いいんでしょうけど。

        電源つけっぱなしに関しては環境負荷より小児がんの新しい治療薬の方が重要なので、別に問題ないと思います。どうしても気になるなら、電源つけっぱなしにしないで、他の作業をしているときにだけバックグラウンドで動かせばいい。
        • もしスパコンのほうが環境負荷(消費電力)面で有利であったとするならば、
          つまりみんなが分散コンピューティングのために余分に払ってる電気代を全部集めたら、
          スパコンの運営費が出てくるんじゃないのかと思ったわけです。

          まぁでも、よくよく考えると、その他のコストが多すぎて、そんな単純な話じゃないですね。
          初期設備投資とかどーにもならないですし、運営にかかる人件費とかメンテナンスとかも考えたら無理ですね。

          てゆーかそうですね、電力だけじゃない、設備もオペレータも使ってるんですね。分散コンピューティングってのは。
          考えてませんでした。

          浅はかすぎましたすみません。

          親コメント
    • by Anonymous Coward
      新薬を作るなんて15年とか平気でかかる [asakura.co.jp]ので、
      気長に見守ってあげて下さい。
  • by Anonymous Coward on 2009年03月16日 15時56分 (#1531704)
    こういう用途に使うってのはないのかなぁ。
    • by Anonymous Coward on 2009年03月16日 16時56分 (#1531739)
      ぶっちゃけ、退役後のスパコンなんて稼働させるだけ無駄。
      高い金を出したスパコンをなんで退役させるかというと、稼働させるための電気代で
      下手をすると「性能が同等以上の新しいマシン+その電気代」がまかなえてしまうから。

      # 実際そういう理由でスパコンを退役させたのでAC
      親コメント
      • by lamvision (16580) on 2009年03月16日 18時27分 (#1531770)

        地球シミュレータのwikiでこんな記述がありますね

        >旧システムの消費電力は約6MW、年間電気代は約5億円で、ガス・水道代1億5千万円、保守費用45億円と合わせて、維持費用は年間約50億円であった。
        >これに対して、例えば2006年から運用されている米AMD社製Opteronプロセッサを用いた東京工業大学のPCクラスタTSUBAMEでは、
        >単純にLINPACK性能のみで比較すると導入費用20分の1、電気代5分の1、計算速度1.6倍となる

        親コメント
        • by Anonymous Coward on 2009年03月16日 18時36分 (#1531774)

          LINPACK 性能なんていうまったく現実に則していない指標を使うのはそろそろやめていただきたい

          そんなんで比較してもなんにも役にたたないどころか寧ろ無理解がはびこって
          将来の研究に支障を来します どうぞおやめください たのみます お願いします

          LINPACK での FLOPS のみで(一般人から)評価されている現状を変えるには
          どうしたらいいですかねー

          # 関係者なので AC

          親コメント
          • >LINPACK での FLOPS のみで(一般人から)評価されている現状を変えるには
            >どうしたらいいですかねー

            素人考えでは、正しい評価ができる指標を策定したらいいと思うんですが。
            親コメント
            • by Anonymous Coward
              それはそれで正論なのですが、それぞれが抱えている問題ごとに
              必要とされる性能が異なると言う現実があります。
              下手をするとそれぞれが抱えているソースコード毎に必要とさ
              れる性能が違ったりするので、汎用的なベンチマークを制定
              しずらいのです。
              たとえ汎用的なベンチマークだと思われる物を制定しても、汎用
              的と言うことはそれぞれの分野においては不必要な機能を全てそ
              ろえないと性能が出ないわけで、そんなものを基準にすると下手
              をすると全ての計算機が無駄な機能をそろえざるを得なくなり、
              全般的にコストがかかってしまうと言う問題があります。

              だから、全体的なコストを考えるとLi
              • たしかにそうでしょうけども。

                だとすると、スパコンの売り文句が「銀イオンとプラズマで驚きの性能」とか怪しげになっちゃいます。

                Office benchみたいな、用途事のポイントを算出するような指標はあってもいいんじゃないですかね?

                # Linpackがダメはまあ理解できる、それを無くすことでLinpackで迷う(間違える)人がいなくなるけど
                # それで関係者全てが迷わなくなるってこともない、んじゃないかな

                むずかしいですね。

                --
                M-FalconSky (暑いか寒い)
                親コメント
          • Re:退役後のスパコンを (スコア:1, すばらしい洞察)

            by Anonymous Coward on 2009年03月16日 19時19分 (#1531798)

            LINPACKより現実に即していると思える指標があるなら、それを広める努力をすればいいんですよ。
            その指標があなた以外の人にとっても役に立つものなら、広まるでしょう。

            計算機の能力指標なんて解く問題次第でいくらでも変わるものなので、自分の問題に即さないからといって匿名で当たり散らすのは大人気ないですよ。

            親コメント
            • by Anonymous Coward
              >計算機の能力指標なんて解く問題次第でいくらでも変わるもの

              オリンピックみたいに競技(?)別にして、スポンサーも募って4年に一度大会を開いてみては?
            • by Anonymous Coward
              > 計算機の能力指標なんて解く問題次第でいくらでも変わるものなので、
              ということを偉い人が理解してくれてるんなら困らないんですよね。
              でも,そういうことを理解しているであろう人でも,
              > LINPACKより現実に即していると思える指標があるなら、それを広める努力を
              という発言をされる。

              使う側としては,「LINPACKより現実に即していると思える指標」なんていうのには意味がなく,
              「解く問題に適した計算機で早く(速く)効率的に問題を解きたい」ってだけなんです。
              ここでLINPACKの問題は,専門外のひとが信用度の高い評価基準ととらえてしまっていること。
              これを逆手に取ってお金を取る人もいますが,困ってる人も実際いるんです。
              (さっきの人じゃないけど,私も愚痴モード失礼)
          • この手のシステムは目的に合わせて最適化して設計するので、主目的とするプログラムを走らせた時に何FLOPSになるかで良いと思うの。DEEP CRACKやGRAPE-6、GPGPUのようなスパコンを比較するには、専用プログラムを走らせた時の性能で考えるしかないでしょ。

            親コメント
          • by mkasa (12075) on 2009年03月16日 23時35分 (#1531945)

            他の人も言っていますけど、結局のところアプリケーション毎に欲しい特性というのは異なるので、
            1種類の数値でスパコンの性能を計ること自体が無意味であると分かって貰うしかないでしょう。

            とりあえずHPC Challenge Benchmark [utk.edu]を代わりの指標に使うぐらいでも
            LINPACK単体で評価するよりは多少はマシになるんじゃないでしょうか。

            # disk I/Oがボトルネックになるアプリケーションをやっていて HPCC Benchmark でも不満なので ID

            親コメント
          • by Anonymous Coward

            >LINPACK での FLOPS のみで(一般人から)評価されている現状を変えるには
            >どうしたらいいですかねー

            一般人レベルでその数値をセールストークにするような営業を家電量販店の営業に配置換えして、現場で利用してたユーザー先のスタッフを営業要員としてヘッドハントして研修させるとか?
            もしくは、同様なシステムを導入しているユーザー先のシステム担当者たちによる、用途別の評価基準を事細かく定めるとか。
            それと同時に現場の人間だけでなく、導入の決定権をもつ経営陣にもちゃんと現場の実情を理解しているよう、決定権に深くかかわれるよう、現場の人間も常に努力を惜しまない事では。

            • by Anonymous Coward

              ・営業に新しいセールストークを教える
              ・メーカが用途別の評価基準を提供する
              だけじゃないんですか?
              「ユーザー先システム担当者」の希少価値を高めてサラリーを上げたいという要望があるのかもしれませんが。

          • by Anonymous Coward
            LINPACKでは導入費用と電気代は計測しないと思うが。
          • by Anonymous Coward

            LINPACK での FLOPS のみで(一般人から)評価されている現状を変えるには
            どうしたらいいですかねー

            より優れた代案を提唱し、広めればよい。

            • by Anonymous Coward
              代案じゃあ広まらないよ。
              置き換えるのではなく、補足するような広がりを持たせるものであれば広がりやすい。
              廃止を主眼にすると抵抗は大きいが、協力させる形式だと馴染みやすいものです。

              つまりね、逆にLINPACKの名声と実績を利用するんですよ。
              置き換えるのなら、それが上手くいってから。
              そしてLINPACK Ver.2とでもすれば新しい方式だろうが、受け入れられやすくなります。
        • by bero (5057) on 2009年03月16日 21時08分 (#1531863) 日記

          そこまで読むならその下の「新システムへの更新」と、最近の/.Jのnewsも。

          地球シミュレータの新型機設置完了、運用開始 [srad.jp]

          新型地球シミュレータではCPUクロックが従来の1GHzから3.2GHZへと大幅に引き上げられ、ベクトル性能は8GFLOPSから102.4GFLOPSと10倍以上に向上。また、1ノード当たりのメモリ容量も16GBから128GBと8倍に増やされている。

          全体のノード数は160ノードとアップデート前と比べて4分の1になったが、これらの性能向上によってシステム全体の演算能力は131TFLOPSにまで向上、国内No.1スーパーコンピュータの座を奪還することになる。また、稼働時の消費電力も従来の7~8割にまで減少するとのことだ。

          保守費用を明記してないけど「6年間185億7600万円のレンタル」で31億円に減った、てことでいいのかな?

          親コメント
      • by tiga (4391) on 2009年03月16日 17時58分 (#1531759) 日記
        ・OSの使用料
        ・ハードウェア定期保守量
        etc

        電力以外にも、コストは、発生しますしね。
        メーカーも、保守用の部品を持つのも嫌がるし・・・

        かつて、中古のリース切れ&メーカーも有償引き取り(水冷だったので)なメインフレームを退役させたとき、食指を動かしかけた企業が、水却装置の工事見積もりみて、「高いからいらん」と言っていたなぁ・・・
        親コメント
      • by Anonymous Coward

        維持管理運用に要する費用の中では、やっぱり電力に一番お金がかかるんでしょうか

    • by chibaz (35131) on 2009年03月16日 16時05分 (#1531710)
      運用する人間とか使う人間の育成にもつながるかもね。
      親コメント
    • by Anonymous Coward
      置き場所の確保がネックになりそうじゃな。
      • by Anonymous Coward

        nec?

        • by Anonymous Coward
          かつて大岡山方面にあった、買ってみたら逆にお金をくれることになったヤツとか。
          (黒歴史らしいのでAC)
  • by Anonymous Coward on 2009年03月17日 3時18分 (#1532038)

    小児ガンを応援しているように読んでしまった俺はもう寝る
    Zzzzz....

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長期的な見通しやビジョンはあえて持たないようにしてる -- Linus Torvalds

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