非常に興味深いですね。
なんらかの進化をドライブする機構が進化してるってのは、あったら面白い。

ただ、“変化するとたいてい死ぬ”部位での変異は中立的である部分がそもそも少ないってことではないんですかね？
変異→立体構造の変化→活性の変化になるような配列部分の割合が相対的に多くて淘汰されてしまうために結果として中立変異も少ないように見えるとか
同じような働きをするブロックが複数あり，一個が壊れてもそれなりにやっていける部位の変異率が少ないというのはまさに淘汰のせいのように思えるんですが。
統計処理で中立的な部分を抜き取るという作業が可能なのかというのがよくわからんです。
部位によって活性に影響する大きさが違いそう（＝淘汰圧に差がありそう）だから、多形を持ってない部分を重要部分として単純に排除するんじゃダメそうだし、でも逆に変異量から重み付き評価したら変異率の差も消えてしまいそうだし…