根本的な話として「副業で稼ぐ」前に「主業で稼ぐ」がないとおかしい訳で、「主業できちんと稼ぎ、副業で余裕を作る」とかみたいな形が基本ではないのでしょうか?
そして、この場合「主業は傷病休暇を取り、多少減少するもののまったく勤務せずに一定額を受け取っている」という状況で「副業で稼いでいた」になる訳で。

これ、普通に考えたら「その "副業" とやらで稼ぐ事を決意した時点から、もしくは実際に報酬を得た時点から」、傷病休暇中の職員に対して支払っていた報酬の返納まで求められる事案だと思いますけど、どうでしょうか。