かつて浄ノ池特有魚類生息地 [wikipedia.org]って温泉が出てくる池に、いつ放たれたかわからない熱帯魚が生息しているのが国の天然記念物になってたのよ。台風で魚が居なくなったんで指定から外されたけど。
こんな先例もあるんで、人工的とは言え固有の品種が生息してるってことで外されることはないんじゃないかな。