>先発明主義とサブマリン特許は独立の問題ではないですか？

その通りです。但し、その内容は、このような感じです。

同一の発明に対し、２者以上の出願があった場合に、誰に権利を付与するか、その考え方が、先願主義と先発明主義になります。

日本やその他多くの国は、先願主義なので、とにかく、先に出願した方が、権利を得ることができます。

これに対し、先発明主義は、出願の早い遅いでは無く、実際にどちらが先に発明したかで、権利の付与者を決めます。ですので、いつ発明が生まれたのかの証拠を、テクメモに残すことが非常に重要になります。

その一方、特許の本質は、発明を公にする代わりに、発明者に一定期間、その技術を独占的に使用する権利を与えることで、技術者の利益の保護と技術の公開による進歩の促す点にあります（公開代償制という．．．と思います）。

例えば、日本ですと、出願した内容は、１年半ぐらいで、必ず公開公報として公に発行され、その後、審査を経て、特許となったものが、特許公報として発行されます。
つまり、公開公報をちゃんと調査していれば、どのような発明であるかを特許になる前に「ある程度」把握することが出来ます。

ところが、一昔前のアメリカには、日本でいう公開公報が存在しませんでした。
登録公報（ＵＳＰ）は発行されるので、公開代償制の本質は守られているのですが、これでは、出願して特許公報が発行されるまで、第三者は誰もその内容を知り得ないという状況になります。
加えて、出願した内容を分割したりなどのテクニックを使うことで、審査期間を長期化させ、ある日、突然、「そんなもの、今頃、特許にするな」的発明が登録されて、業界に激震が走るということがおきます。
この様が潜水艦みたいなので、サブマリン特許といいます。

もう随分前から、国際的な流れでは、先願主義、サブマリン特許×でしたから、アメリカ国内の保守的な圧力がそれだけ強かったということだと思います。