現役大学図書館員です．

現在は10ケタのものも13ケタのものも混然と納品されています．
古い本の流通が完全に無くなる事はないのでこの状態はなくならないでしょう．

図書館システム上ではかねてから "XISBN" と言うフィールドが用意されています．
通常の "ISBN" フィールドはチェックデジットをチェックするようになっており誤入力を防止する仕組みになっています．
XISBN フィールドは、なんらかの理由で誤生成されてしまった ISBN を入力出来るようになっているフィールドです．
このフィールドではチェックデジットのチェックは行われません．
13ケタのものはこの XISBN フィールドを使用することになっています．

参考
ISBN13桁化へのNACSIS-CATの対応 (国立情報学研究所) [nii.ac.jp]
ISBN13桁化への準備進む－利用者マニュアルの改訂 (国立国会図書館) [ndl.go.jp]