サイボウズOffice 6を使用しているので，うちの対応をどうしようかと思いながら読みました。
うちの場合は事務部門である程度メンテできる必要があるという理由もあり，WebサーバはIISで作ってしまっています。 Webサーバのログはとっていて，外部からのアクセスは許していないので（外部から利用する一部ユーザはSSHでトンネルを掘って使用しています）今回の更新は見送ろうと思います。

今回の件では微妙にサイボウズ担当者に同情してしまいました。この手のソフトはそもそもイントラネット内で閉じた使い方を想定して作っているでしょうから。
インターネットからイントラネットとしてのサイボウズシリーズにアクセスできてしまう, まずいシステム構築の仕方をするユーザが多いことが本当の問題かと。