どこにぶら下げようかと思いましたが、とりあえずここに。

住基ネットの仕様も、箕面市の住民関係のデータベースがどういう仕組みになっているのかも、よく知りませんが、
　１．住基ネットの上位ＤＢ（この場合は大阪府）と下位ＤＢ（箕面市）とで、定期的にデータマッチングを行う
　２．下位ＤＢから上位ＤＢに吐き出すデータは、他のＤＢからの自動生成
　３．データに齟齬があるにも関わらず、異動に係るフラグ（移転・死亡・国籍離脱など）が立っていなければエラーが出る
という構造を想定すれば、「市側の住民関係データベース全てからデータを削除」しない限り、３．のエラーが永遠に出続けることは容易に想像できると思います。
＃タレコミ中の記事を読む限りでは１と３は正しそう。
＃２については、包含関係（「自治体の住民関係ＤＢ」⊃「住所、氏名、生年月日、性別のみの住基ネット」）にある２つのＤＢに別に手入力する間抜けなシステムがあるとも思えないので、多分正しい。

問題は、「市側の住民関係データベース」ってのが極めて膨大に存在する、ということで、思いつくだけでも、
　・戸籍のＤＢ
　・住民基本台帳のＤＢ（必要レコードはこれ [e-gov.go.jp]を参照）
　・個人住民税のための所得ＤＢ
　・国民健康保険のＤＢ（無保険者を避けるため、成人であればレコードが必ず発生）
などがあります。

そして、これらのＤＢが相互にリンクして巨大な一つのＤＢとして機能しなければ、自治体として最も基本的な住民サービス（住民票の写しの発行や国民健康保険にかかる医療費支払いなど）が提供できないことも容易に想像できます。

というわけで、「市側の住民関係データベース」も無矛盾になるよう、データが相互参照され、「特定のＤＢにだけ登録されない人」の存在を許す構造にはなっていないと思われます。

したがって、「特定の誰かのデータを住基ネットに登録しない」解決策としては、
　・「住基ネットには登録しない」というフラグフィールドを「市側の住民関係データベース」に新たに追加し、全レコードをリビルド。さらに、住基ネット上位側に吐き出すデータの生成時にはこのフラグフィールドを参照する仕組みを新規構築。
　・「住基ネットに登録してほしくない」という人のデータを、自治体の全データベースから削除し、その人にかかるデータについては全部紙で別管理する。
と、タレコミの記事中にある２つの方法以外、無いことになります。
＃ので、「全部紙管理」に切り替えれば、システム改修コストはかからないが、この住民に行政サービスを提供するためには、継続的に気の遠くなるような人件費が消尽される…。

で、メインフレームな１２万件もデータが詰まったＤＢに対し、新規フィールドを追加定義しＤＢをリビルドする作業を、休業日中に他のバッチの合間を縫って行うことにどれくらいコストがかかるかを考えれば、３５００万という数字はそれほどぶっ飛んだ数字ではないと思います。
＃まぁ、高いっちゃ高いけど

というわけで、ＤＢの要件定義をチロっと想像すれば分かるようなことを考えもせずに、既存システムが腐っているという結論だけを導き出したがるのか、ちっとも理解できませんです。
＃まぁ、この場に「俺様システム」以外のシステムを構築・運用経験が無い人が山ほどいるのはよくわかりますけどね…。

私も元ACの考察に全面賛成。誰か+3ぐらいモデしてあげて。

消すだけなら簡単。
消した後も住人が存在し続け、しかもサービスを滞りなく提供しないと
いけないから難しい。

今ある論理削除フラグ（死亡、国籍変更、職権消除等）では市役所側のシステム上でも削除されたことになるから、新たに住基ネットにデータを流さないようにするだけのフラグが必要だってことだよ。
# 今ある論理削除フラグの領域を流用してもいいけど、下流システムへの影響が把握できないから新規に作成すると思う。
同市の住民は12万人だけど、メインフレームの古いシステムだと外国人や過去の蓄積を同一DBで運用している場合もあるから、30万から40万件ぐらいになるかもしれないし、最近は休日だって稼動している場合もあるので下手すれば年末年始作業になるかもしれないし、元ACが指摘している作業条件より厳しい可能性もあると思うよ。

今回の件は、以下の2つの問題が絡んでいるわけですが、この二つを混同しては行けないと思います。

●地方自治体の持つ住基ネット向け住民基本台帳データベースと、国側の住基ネット情報データベースの整合性の問題
データを削除するとサーバがダウンする、という問題です。元々想定していない事態が起きているのでしょうか? [srad.jp]
こちらの問題については、確かに「死亡」相当の処理を行えば、住基ネット側の情報を消すことは可能でしょう。

●地方自治体内で、住民票データベースと住基ネット向けデータベースの整合性の問題
まず大前提として、住民として存在する以上、地方自治体内で必要な「住民票」データを削除してしまうことはできません。

やらなければならないのは、「住民票」データを、「住基ネット」データに反映させないことです。
現状ではそれができるようなシステムにはなっていない(住民票データベースにある情報は全て住基ネットに流れるようになっている)ために、
対応策としては、
・システム改修を改修し「住基ネットには情報を流さないフラグ」を作る(1,500万円～3,500万円かかる)
・電子的な住民票データベースからは削除し、その住民については紙の住民票で管理するようにする
のどちらかしかないという状況になっているわけです。

つまり、この状況下で「マスタ情報の論理削除」という対応は、それだけに留まらず、
地方自治体内のデータベースからも削除し、紙で管理する、という対応を意味するわけです。