そうですよね。
プログラムが、著作物として保護される対象である以上、 プログラムは、単なるアイデアではなく、「表現」を伴っているということですよね。

ご指摘のように、上級審でも問題になりそうですね。

＞コードは言論の一形態であるが詩や音楽のように「表現」ではない

　詳細記事 [zdnet.co.jp]では、

この手の発表物の「内容は不明確」であり，詩や小説のような「表現性の高い」作品に比べ，修正第1条による保護の必要性はかなり低い

となってますので、おそらく判決文には“「表現」ではない”とまでは書いてないのでは?
　単に「“言論の自由”で保護するには表現性が低い」と言ってるだけだと思います。

　詳細記事を信じるなら、上級裁でDMCAの違憲性を争う場合は、「DeCSSのようなコードの内容は不明確とは言えず、言論として充分に保護されるべきである」ことを、争点にする必要が有るかと思います。