SKKの場合は自分の思考の流れのままに文章を作成できるのです。連文節だと自分の文章を一文単位とかで逐一振り返る必要がありますよね。
単語単位だと「その単語を書いている」と思える時間の範囲内で正しい漢字に確定できる訳です。この利点を一度得てしまった身としては、
他のインプットメソッドを使う気になれないです(使わざるを得ない場面が来ても単語単位で変換してしまいます)。

私と同じ点を利点として求めている人種にとって連文節が勝つためには、変換したら振り返る必要がなくなるぐらいのクオリティになることですね。すなわち、自分がうっかりミスする割合よりも高い割合で変換間違いが起るのであれば連文節は使わないです。

自分が物書きだったらT-codeを覚えていると思います。T-codeなら画面見ずに日本語打てるので(私はprogrammingのときは3割くらいしか画面見てません。目が疲れるし、自分で何を打ったかは分かるので)。T-codeも「自分の思考の流れのままに文章を作成できる」という特長がありますね。マスターするのが大変ですが。