さて、UPXのライセンスでは、

The stub which is imbedded in each UPX compressed program is part of UPX and UCL, and contains code that is under our copyright. The terms of the GNU General Public License still apply as compressing a program is a special form of linking with our stub.

と、「プログラムの圧縮は、われわれのstubとリンクする特殊な形態であるため、（リンクすると感染する）GPLは（圧縮後のプログラムに原則）適用されますよ」としているが、同時に例外規定(SPECIAL EXCEPTION FOR COMPRESSED EXECUTABLES)が設けられていて、条件を満たせば商用利用を含めた自由な利用の特別な許可が与えられるようだ。…が、しかし、その第2項である

This also implies that the UPX stub must be completely unmodfied, i.e. the stub imbedded in your compressed program must be byte-identical to the stub that is produced by the official unmodified UPX version.

を前述のとおり思いっきりブッチ切ってるので、この「すぺしゃるなぱーみっしょん」は与えられず、このプログラムはGPLに「感染」すると解釈できる。
また、

We grant you special permission to freely use and distribute all UPX compressed programs. But any modification of the UPX stub (such as, but not limited to, removing our copyright string or making your program non-decompressible) will immediately revoke your right to use and distribute a UPX compressed program.

ともあるので、これにも抵触するだろう。

あくまで修正パッチ内の実行ファイルではあり、販売されたディスク内の実行ファイルもこのようになっているかは不明だが、UPXのヘッダを削除するのは明らかに故意であり、曲がりなりにも商用ソフトウェアでこのような行為はマズいのではないだろうか。なお、エクスヴァイン以外の修正パッチでは同様の行為は確認されていない模様。