> 広告メールを送ってくる業者を訴えたとして，もれなく，くまなく，「広告お断り」と書いていることを証明しなければならないのだろうか．

とりあえず伝言ゲームにならないように
http://www.soumu.go.jp/s-news/2008/pdf/081114_4_bs1.pdf [soumu.go.jp]
嫁。11ページらへん。

自分のメルアド晒しておいて「メール送んなコラ」はないだろ、という理屈。しかしオプトアウトはできるんで、言ってみれば法改正によって変化してないってだけ。法改正のメリットを享受してない程度で悪魔の証明だので騒ぐのは格好悪い。

で、ここから本論。しかし上記の理屈が通る（オプトインの例外）のは自己のメールアドレスを公表している団体、営業を営む個人」が対象であって、非営利な個人はオプトインの対象ですよ。
日経の記事はフリー記者だろうからお断りの表示も要るんだろうけど、範囲も明確にせず騒ぐのはいかがなものかと。

これは、botや無作為のスパムメールとは分けて考えなければならないですよね。

これまでも業者がHPからメールアドレスを収集して営業メールを送る、という行為が当たり前に行われていましたが、今後は断り書きを入れた場合、特定電子メール法によって、純粋な（悪意に基づかない）営業行為を行っている業者はそこにメールを送ることができなくなる。

ただそれだけのことであって、悪意のスパムメールを基準に「効果がない」という話にしたらキリがないと思います。
「広告お断りって書いてないじゃないか！」なんて言ってくる会社の商品・企画なんて使いませんし。

いずれにせよ、「必須になった」というタイトルの表現は誤解を招くと思います。
ただルールを法律が明示しただけでは。

もし裁判になった場合。

まず、原告の主張は、「私がインターネットで公開しているメールアドレスには全部『お断り』の表示をしている。」ですね。
ここで重要なのは、インターネット全体ではなく、自分が公開してる部分だけ済むわけですから、悪魔の証明は必要無い。
施行規則には「自己の電子メールアドレスをインターネットを利用して公衆が閲覧することができる状態に置く方法とする。」と書かれていますから、第三者が公開したものは含まれないのです。

で、訴えられたほうは「本人が『お断りなし』のメールアドレスを公開していた証拠」を具体的に示すか、「本人が公開した訳ではないが、本人が公開したと誤解してしまった証拠」を示すしかない。

訴えたほうにミスがなければ、「本人が公開した『お断りなし』のメールアドレスの公開場所」は有るわけ無いので、後者の誤解してしまったという所が焦点になるかと思います。

「本人が公開したと誤解した」部分の内容によって、故意か過失かの判断が行われ、有罪か無罪かが決まるでしょう。

また、本人に無断でメールアドレスを公開した第三者に対しては別途裁判を行う事が必要かと思われます。
これは、迷惑メール規制法とは別の法律になるかと思われます。

その程度の更新すら躊躇うようなサイトなら閉じちゃってもいいんじゃないでしょうか。

いっそのこと「メールお断り.jp」ドメインにしてしまえば。