Linuxでデスクトップ録画をするときは「recordmydesktop」と言うソフトを使うと、ウィンドウ指定やリアルタイムでエンコードもしてくれて、便利らしい。

ただ、出力がogv形式なので、avi（mpeg4）に変換したいときはDVD作成ソフトのDeVeDe（ffmpegのフロントエンド）を利用するとよいらしい。

参考：[ubuntu] After recordmydesktop, how to convert ogv to avi (divx)? - Ubuntu Forums