結論から言えば何も問題なし (本当に問題ないかどうかはこれから使ってみないとわからないが)
使用したカードはSanDisk SDSDQY-064G-U46A
Xperia arc は 2.3.4 アップデート済み

挿しただけで普通にマウントできたが念のためにフォーマット。
その後、PCとカードリーダーを使って元のカードのデータを書きこんで移行完了。