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デング熱治療薬開発に分散コンピューティングを活用 25

ストーリー by Acanthopanax
協力強力 部門より

あるAnonymous Coward 曰く、

ITmedia エンタープライズの記事によると、IBM、テキサス大学医学部、シカゴ大学がWorld Community Grid (WCG)を活用したデング熱治療薬開発に着手したそうです。32万人のWCGメンバーが保有するPCの空き時間を活用して解析を行い、通常なら5万年を要する演算が1年で完了する可能性があるとのこと。

ウェストナイル脳炎、C型肝炎や、黄熱病なども関連するこのプロジェクトは、亜熱帯化が進みつつある日本にとって無関係ではないかも知れません。ちなみにWCGには本家/.チームもあります。

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デング熱治療薬開発に分散コンピューティングを活用 More

  • が、BAM(BOINC Account Manager)から制御できない状況にあります。

    参加したら、ステータスをReadするのは問題ないようなので、一度設定してほったらかすならどうってことないんですけどもね。

    # /.Jチームがあるなら参加しようかな...
    ## すでに6プロジェクトも参加しちゃってるのでID
    --
    M-FalconSky (暑いか寒い)

  • PS3 (スコア:2, 興味深い)

    by little( (31297) on 2007年08月30日 13時58分 (#1211845) ホームページ 日記
    いまや、Folding@Homeの７割はPS3が担ってる。
    単純に考えれば、PS3以前の３倍以上の性能になってる訳だ。
    ゲーム機としてはいまいちパッとしないが、分散コンピューティングとしては成果が出ている。

    このプロジェクトも、PS3の対応を考えてみるべきだと思うなぁ

    • Re:PS3 (スコア:0)

      by Anonymous Coward
      GPU対応の方が良いと思いますよ。

      • Re:PS3 (スコア:1)

        by little( (31297) on 2007年08月31日 13時10分 (#1212487) ホームページ 日記
        GPUは単体ではPS3の３倍程のスコア出してますが、数が少なすぎて、全体としてはPS3の１５分の１ほどしか貢献してないです。
        というか、PS3の貢献度が圧倒的過ぎるだけですが。

        • Re:PS3 (スコア:0)

          by Anonymous Coward
          PS3はそのうち陳腐化するし、ソニーがゲーム機事業を続けるとも思えないので、MSが音頭を取るGPU仮想化の流れに乗った方がいいでしょう。

          • Re:PS3 (スコア:2, すばらしい洞察)

            by little( (31297) on 2007年08月31日 20時51分 (#1212662) ホームページ 日記
            それでも、現状での差がありすぎる。
            PS3の寿命があと３年しかなかっとして、その３年で、現在のGPUの４５年分を計算できる。
            GPUでの参加者数と性能がどれだけ伸びるのか判らないが、少なくとも、この半年ではほとんど変わらないようだ。
            どこかで大きな転換点が来ないと、GPUがPS3の性能を上回るのは難しい。

            その転換点が何年後に来るか判らないのだし、その間に生じるGPUとPS3の差を考えれば、先にPS3に対応しておいたほうが良い。

  • 夜間電力のみ使用するような設定ってできるのかな？
    --
    妖精哲学の三信
    「だらしねぇ」という戒めの心、「歪みねぇ」という賛美の心、「仕方ない」という許容の心
    • 時間設定は他の人がレスしているとおり。
      但し、各ワークユニットには提出期限が付いているので
      非力なマシンでCPU使用率を絞って、且つ稼働時間を減らすと間に合いません。
      (ポイントは加算されますが)
      手元のデータで調べたところデング熱だと大体1週間程度の提出期限が設けられているようです。
      (ユニットの堅さによって誤差はあります)

      ちなみにAthlon X2 4800+@2.59GHz(2.2GFlops)で5時間程度、Celeron@2.75GHz(Noothwood 1.4GFlops)で8時間程度
      Pentium M@1.4GHz(570MFlops)で19時間程度のCPU時間を要します。
      あくまでうちの場合の参考値ですが。

      軽いのがお好きならTANPAKU [tus.ac.jp]なんかは気楽に出来るかと。

      /.JじゃなくてTeam 2chだけどID

    • Re:こういうのやったことないんだけど (スコア:2, 参考になる)

      by Emc2 (14960) on 2007年08月29日 21時53分 (#1211441) 日記
      夜間電力というか、何時から何時までの間だけ回すという設定は可能です。CPUを何％使わせるのかについても設定可能。
      PCの自動起動とか自動終了についてはBOINCクライアントの設定項目には見あたりません。

      #設定項目を見落としている可能性は否定できない

      ##負荷率の設定を詰めればCool'n'Quietが有効なぎりぎりのラインで稼働させ続けることも可能なんだろうか
      --
      MSI遊園地休園中。ブル対応遊園地が来たら本気出す。

      • Re:こういうのやったことないんだけど (スコア:2, 参考になる)

        by Anonymous Coward on 2007年08月29日 22時20分 (#1211454)
        ##負荷率の設定を詰めればCool'n'Quietが有効なぎりぎりのラインで稼働させ続けることも可能なんだろうか
        BOINCのCPU使用率はCPU時間の割合のことなので、使用率を制限すると負荷率100％の時間が細切れになります。

        負荷率を抑えるならBOINC側を100％に設定した上で、BES [faireal.net]等のツールでプロセスの負荷を抑える必要があります。
        ただし、タスク毎に別プロセスになるので毎回手動で設定しなければなりません。

    • 夜間電力の定義 (スコア:1)

      by toku1106 (33130) on 2007年08月31日 1時52分 (#1212181)
      夜間電力の定義が難しいですね^^

      一般にCO2排出量が少ない時間帯の電力だけで計算機を動かしたいのか？それとも
      深夜電力料金（割安）が適用される時間帯のみ計算機を動かしたいのか？

      この違いで、ハードルの高さは変わってきます（当然、後者の方がハードルが高いのですが・・・）
      どちらか明示していただければ、貴方の思いにウザイ程答えてあげたいと思います

  • 特許 (スコア:0)

    by Anonymous Coward on 2007年08月29日 20時55分 (#1211402)
    この治療薬の特許はどうするのかね？

    パブリックドメイン（特許は取得するが特許権は主張しない）とかにするのかな？

    • Re:特許 (スコア:2, 参考になる)

      by Anonymous Coward on 2007年08月29日 21時11分 (#1211414)
      http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewAboutUs.do [worldcommunitygrid.org]
      福祉を発展させることに関与する私たちの活動の一部として、すべての結果がパブリック・ドメインに置かれ、世界中の研究コミュニティーに公開されます。


      ということで、直接的な成果に関してはパブリックドメインになるそうです。
      しかし、この手の分散コンピューティングはバーチャルスクリーニングしかできないので、その先の実際に薬を作ったり、安全性を確認したりする作業については別物になりますね。

  • この手の奴って、 (スコア:0)

    by Anonymous Coward on 2007年08月29日 23時27分 (#1211500)
    本当に計算で何かできたりするものなのでしょうか？ （単純な、疑問です。）

    • Re:この手の奴って、 (スコア:4, 興味深い)

      by phason (22006) on 2007年08月30日 1時00分 (#1211572) 日記
      できますよ．もちろん，こういった計算単独で完結するほどではありませんが．

      この手の分子間相互作用でくっつく・くっつかないというのは割と構造的な要因で決まる部分が大きい
      ので，計算としてはやりやすい部類になります．感じとしては，ある程度形の決まったパズルのピース
      同士がどの程度かっちりはまるかを計算するのと似ています．
      まず標的部位を決めて（実際のウィルス等の構造などの研究から決定），それに合いそうな既知分子を
      探し出して（膨大なデータベースからの類似構造のサーベイなど）第一候補とし，それらをもうちょっと
      高度な計算手法で実際に標的部位に結合可能かどうか計算を行い第二段階の候補を選定，その後実際に
      分子を用いて実地で試験します．
      #実際には標的部位の構造が完全に決まっていないことも多く，類似の既知タンパクを元に計算で推定
      #構造を作って，そこへの親和性などで計算したりもしていると思います．

      最初のサーベイがなければ数百，数千万の既知物質から研究者の経験と勘のみを頼りに絞り込まねば
      なりませんが，計算機を活用することで第一候補として数百から数千，第二候補として百前後にまで
      絞り込めます．あとはそれらを実際に試し，うまくいきそうな分子を基本構造としてモディファイして
      いくわけです．

  • 国籍登録をしましょう (スコア:0)

    by Anonymous Coward on 2007年08月30日 20時35分 (#1212052)
    参加してる人はできるだけ国籍登録をしましょう。
    国別のランキングで日本の貢献度は現在6位です。
    http://www.worldcommunitygrid.org/stat/viewStatsByCountryAT.do?sort=points [worldcommunitygrid.org]
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