ワタシのも90度ほどずれてました。シングルパックですが。
で、最初に何も考えずアップデートかけたら「ディスクを掃除したまえ」と叱られ中断。あれぇ？と思いつつ再度試したが同様。
ふむ。。としばし悩み、その後カスタムインストールにしてみたらうまくいきました。以下詳細。
　・プリンタサポート：全てチェックを外す
　・追加フォント：インストール
　・言語環境：日本語以外のチェックを外す
　・X11：チェックを外す
　・Rosetta：インストール
　・QuickTime 7：チェックを外す
つまり、上記でインストールしなかったデータの記録領域に何かしらの不具合がある、ということ？？？