ちょっとmixiのトップコミュで書いたんだけど、理論的ツッコミはスラドの方がしてくれる人多そうなので自己転載。
よかったら「ここおかしいだろ！」とかツッコミいれてください。

（個人的にほぼ確信に近いレベル）
・12000年は、ブラックホール爆弾起爆からワープまでの間のタイミングで経過した
・ガンバスターのワープは1回だけ行われた
・12000年の時間経過のほとんどは、1回だけ行われたワープのその直前の、ごく一瞬で経過している

（願望とかちょっと強引な推論とかが混じってるレベル、でもこれも個人的には半ば確信）
・ノリコが「ごめん、キミコ、もう会えない！」と叫んだ瞬間と、キミコが天を振り仰いだ瞬間は、実際に同一
・ノリコたちの体感による艦内時間はほぼ劇中の時間の経過と同一。これは少なくとも、ブラックホール爆弾の爆縮開始からワープ終了（地球への帰還）までの時間はノリコたちの体感時間としてリアルタイムに劇中時間が流れている

（ちょっと大げさな与太話も含めて、こんなの妄想の領域だよというレベル。SF的には楽しいと思う）
・ガンバスターがダメージを最終的に負ったのは、ワープするその瞬間。理由はおそらく、超重力をキャンセルする機構（イナーシャル・キャンセラー＝慣性制御とおそらく同一の技術）がシュバルツシルト半径に近づくにつれて末端からキャンセルしきれなくなったため。慣性制御が重力制御と同等な理由は、速度を出すのと超重力の近くに滞在するのが相対性理論的に「力」としては差異がない、という事だけ理解してもらえばわかると思う。
・シュバルツシルト半径は一定の大きさまで成長した後は、スレイブによる拡大が始まるまでは、おそらく拡大はしていない。ガンバスターは亜光速の出力でそこから逃れようとしていたが、単に亜光速で加速するだけではブラックホール爆弾から逃れられなかった。ブラックホール爆弾からあの位置で逃れるにはワープが必須。拡大していないのにシュバルツシルト半径が近づいているように見える描写があったのは、逆にガンバスターが引き寄せられていた可能性が高い。例えば空から地面に向かって落下するときに、落下する物体から相対的に見たら地面が自分に近づいてくるように見えるでしょう？

（最終的に巡りめぐって、自分が確信している結論）
・ガンバスターがワープできたのは、努力と根性によって、最後まであきらめなかった事によって彼女らが自ら起こした「奇跡」。おそらく、何かほんのちょっとの要因が少しでもずれていたら、ワープには失敗していた。少なくとも、宇宙怪獣のほとんどはブラックホール爆弾から逃れられなかった事を考えると、容易にワープで逃れるという手段は使えなかったと考えて良い。

ちなみに、実はこれ銀河中に敷設したスレイブの事は考慮に入れてません。
というか、多分、あのリアルタイムの中、少なくともガンバスターが脱出するまでの間については、スレイブの事は考慮しなくてもいいと思います。スレイブがブラックホールの成長に関わるのは、おそらく殴りこみ艦隊やガンバスターがワープを完了した後の事ではないかと思います。殴りこみ艦隊は自殺するために行ってるわけじゃないので、超長距離ワープに移行する時間は計算に入れていると考えてよいと思いますし。

ブラックホール爆弾着火＞殴りこみ艦隊・ガンバスターワープ完了＞スレイブによる銀河中心ブラックホールの質量拡大＞銀河中心がブラックホールに飲み込まれ消失

という流れではないかと。

なので、コミックガンバスターで刑事大打撃の人が描いたような帰還途中の戦闘とかは多分ないんだよ！というかあれがあったら逆に12000年の経過が余計説明できなくなるよ！という事を説明したかった。