ググっても出てこない情報なので、ここに書きます。
・4/24 初稿。5/7設定ができるように修正。5/9加筆
・ググったら、ここが出るようになってしまった。

1. 準備
　猫まねき for Windows XP/2000のダウンロード
　　http://www.remus.dti.ne.jp/~kurotora/download.htm
　exeをサービスとして起動できるよう設定するツール(sexe)のダウンロード
　　http://www.vector.co.jp/soft/winnt/util/se227419.html

    ここまで読んで判った人は、その通りです。猫まねきは、管理者権限を必要とするのです。

2. インストール
　1)猫まねきのインストール
　　・既に猫まねきのインストールを試みた環境では、一度アンインストールしてからPCを再起動してください。
　　・nm2k122.exe を右クリックして、管理者として実行で、インストールしてください。
　　　
    2)sexe(せめて Service Exeとかの名前にしろよとか思った人は私だけではないはず。)
        どこにおいて動かしても良いのだけど、他のプログラムのサービス化もあるかもしれないので
　　 猫まねきと同じ場所 Program Files\Nekomaneki に sexe.exe と sexe.txt をコピーします。

3. 猫まねきサービス化設定
　1) 先ほどコピーした sexe.exe を管理者として実行してください。
　2) 設定ダイアログが開くので、下記のように設定してください。
　　・プログラム名
      　参照ボタンを押して nekomane.exeを指定します。
　　・起動時オプション
　　 何もいりません。
　　・サービス名
　　　nekomaneki
　　・終了方法
            WM_SYSCOMMAND->WM_CLOSE
　　・自動起動
　　　チェックします。
　　・デスクトップとの対話を許可
　　　チェック不要です。Vistaでは、サービスを対話有りで実行すると、イベントビューアにエラーが報告されます。

　3)猫まねきの設定
　ここで、sexeのテスト起動を実施します。
　sexeがダイアログを表示しますが、それはそのままにしておいて
　通知領域(タスクトレイ)に猫まねきが表示されるので、キー入れ替え設定を実施します。
　キー入れ替え設定が終わったらsexeのダイアログのOKを押してください。

    OKボタンを押して、サービス登録は はい で登録します。
　サービスとして起動しますかと聞いてくるので、これもはいにします。

　4)動作確認
　　PC/Vistaを再起動してみて、サービスの一覧にnekomanekiが居て、実行中になっていれば、登録および起動ができていることになります。
　キー入れ替え設定どおりに、うまく動くかどうか試してみてください。
　
4. その他
　・Vistaにログイン後、猫まねきが有効になるまで時間がかかることがあります。
　・通知領域(タスクトレイ)に、猫まねきのアイコンは表示されません。
        設定変更の場合には、sexeを実行し、サービスの登録解除して停止した後でテスト実行を使えば良いでしょう。
　・猫まねきが動き出したかどうかは、変更設定したキーを押して、判断するしかないと考えます。
　・猫まねきのhelpファイルは、Vista標準ではサポートされませんので、winhelp32をダウンロードして入れてください。
　・サービス登録で起動することで、レジストリ等アクセスできるよう動作させているわけですが、別の手段としては、タスクスケジューラを使ってログイン時に管理者権限で起動することも可能です。しかしながら権限昇格ダイアログが出てしまうので、そちらは採用していません。ちなみに、いわゆるスタートアップやレジストリのRUNのところに書くなどのやり方では、たとえマニフェストで権限要求していても、権限を与えることはできません。
　・VistaのUAC切れば良いという話もありますが、一度UACによる安心を得たら、怖くて切れないでしょう。
　・64bit OSのサポートをあきらめれば、レジストリとファイルアクセス部位のところを権限不要となるように直せば、良いはずですが、無いものねだりですね。
　・一応動いているので、これ以上は追求しませんが、より正しい方法を編み出した方がいらしたら、コメントよろしくお願いします。