私の場合、もともと使っていた社内BTSと客先のBTS、両方を使わざる負えない状況なので元ネタの言いたい事はよく理解出来ます。
「別々の会社」や「別々のグループ」毎に管理方法が異なるのは当然の事で、OSSでも商用プロジェクトでも普通にある事なのではないでしょうか？
私のところでは結局、定期的にEXCELや箇条書きに落して、進捗報告と一緒に棚卸し結果をメール送付、その上で進捗会議で意識合わせをするといった感じです。
うちの会社は下請け会社の一つに過ぎないので客先に大きな事は言えません。。

結局、バグ対処に費やす作業量のほうが大きいのであまり興味はありませんが、
RSSのようにオープンで定義されたバグ表現様式が広く実装されれば効率は上がりそうですね。