現状のパーミッションって一度許可したら何時使われるのかさっぱり判らないのが恐ろしいです。
キーチェインみたいに一定時間のみ許可とか、許可するアドレス帳の範囲とか絞らせろって思います。

WinRTアプリはネイティブも可能が正ですよね？
ネイティブしか出来ない訳じゃない。
ネイティブにするなら引き換えに移植性が損なわれるのは当たり前ですし。

WinRT API自体はネイティブで、その上のアプリは実装次第(VB.NETやらC#)とネイティブのC/C++やJavaScriptも可能って理解でしたが。
その点で現時点で多く入手可能なMetroスタイルなアプリが提供されてるのはWP7向けだったので例示した次第です。

x86との差別化だろうけどMetroアプリ以外のアプリのインストールが出来ないとなるとWindows Phoneとの差別化はどうするのだろうか?
それともいずれはARM版WindowsとWindows Phoneを統合化させるつもり?

統合の方向に進むんじゃないですかね。
WindowsPhone8 TabletEditionみたいな感じかもしれませんね。

電話機能が必須でないとか、画面解像度辺りのシャーシモデルに縛られないとかそういう利点があるのかも。

むしろ.NET FrameworkみたいなVM上で動くわけでもないのにどうやったらバイナリ互換にできるの？

その通りです。ですから.NET Framework使ってます。
今出回っているWindowsPhone向けのMetroアプリは一部例外を除き全て.NET上のVM上で動いてます。

見事なTypoでした・・・orz

Windows Phoneの場合、開発者の開発環境でも実行可能な自動テストがあって論外なバグはそもそも公開不能だったりしますが。

パスワード程度に価値は無いですからねぇ。
第三者にとって価値があるのはパスワードを利用した先で得られる何かです。
真に守るべきはパスワードなんかではなく、「パスワードで守りたい何か」でしょう？

まぁ、そんな事はどうでも良くて、
スマホは最近出た新しい機材で、どのような注意が必要か教育が行き届いてるんでしょうかね。
例えば、悪い学習としてこういうツールを、管理者が面倒だからとエンドユーザーにやらせてれば、「やった事がある操作の繰り返し」になるんですよね。

まぁ、妄想癖があるのかもしれませんね。

解像度の中もでも縦横比が違うってのはかなり頭が痛くなると思いますよ。
ただ単に拡大では駄目で、旨くレイアウトしなおさなければ画面からはみ出すとかになりかねません。
その点、iPhoneなんかは解像度上がってもアスペクト比は変わってないので比較的マシかと。

Windows向けでも、普通に4:3(800x600,1024x768)、5:4(1280x1024)、16:9(1280x720,1980x1080)、16:10(1980x1200)とか最低でも有りますし。
Windows8も16:9推奨ですが、4:3や16:10とか、縦横の回転時にどうしようと悩んで試行錯誤してたりします。

アリスソフト位老舗だとアレですが、弱小だとメーカーが消えた挙句パッチもダウンロード出来なくなる可能性も考慮したほうが。
パッチはローカルに保存しておいた方が良いです。
闇改修された時にもバイナリ差分で闇改修された事が解りますし。
# 某らじゃった方の元ネタのパッチは生き残ったけど、それ以降の作品はミラーで辛うじて生き残ってた的なケースがありますし。

大手でも身近な例で行くと、WinNTのサービスパックとか。

あなたが書いてきた心配ごとについて、書類審査で安全性を担保できると
どうして思えるのかが理解できない以上は、戯言ですね。

実際のところ、偽アプリやアップルの規約に反するアプリは、書類審査で
騙すことで突破されているわけですからね。

書類審査は公正なアプリが善意の開発者によって作られた公正なものである
というような前提でしか成り立たないわけです。

au one Marketの場合ですが、クレジットカードだけで開設出来る物のと異なり、お役所の謄本が必要となります。
もちろん偽造リスクは依然残りますし、堂々と悪意あるコードを組み込む可能性もありますが、現状のお手軽に開設出来るAndroid Marketと比較した場合は、よりはマシといった程度です。