GNU arch (tla) から派生したBazと異なり、Bazaar-NGないしbzrは確かにフルスクラッチで別物ですが、Bazaarのページに "Bazaar is a GNU Project" とあったり、GNU PDFの移行のときに "migration to GNU Bazaar" という表現が使われたりするように、開発主体がCanonicalであってもGNU Projectのソフトウェアらしいです。

GNUのソフトウェアだからBazaarが選ばれたかは知りませんが……。