最近のAdobe Reader なら、メニュー[編集][環境設定]にある
「インターネット」の「PDFをブラウザに表示」のチェックを外すと、
ダウンロードしたあとで別ウィンドウのReaderを開くようになってます。

このおかげで、PDF文書に対するアレルギーもだいぶ薄れました ;)