わたしはOrbit Opticalを使っているのですが、Linuxでボールでスクロールするためのツールを書いて使っています。快適です。

toggle scroll Linux 2.4用
toggle scroll Linux 2.6用

使い方
toggle_scroll /dev/input/event1 /dev/input/event0
(event1はトラックボール、event0はキーボードのイベントファイル)
root権限か、関連するデバイスファイルへのアクセス権限が必要。
キーボードの無変換を押しながらマウスを動かすとスクロール。左クリックはHome、右クリックはEnd。

LinuxのInput subsystemを使っています。uinputモジュールが必要です。なんのことだかわからない人はとりあえず使ってみて使えなかったらあきらめましょう。

基本的に自分のためのツールなのでいろいろといいかげんです。何かしたければソースを読んでください。一緒に入っている変なコードはInput subsystemでいろいろ試したときの残骸です。

トラックボールのボタンをプレスしてから無変換を押して、無変換を押したままトラックボールのボタンを離すと変なことになりますが、気になる人は勝手に直してください。

Input subsystemを使うといろいろできておもしろいので、何か作ったひとは教えてください。