ソース見たけど、mysql_stmt_prepare()呼んでるよ。

php-5.3.6/ext/pdo_mysql/mysql_driver.c

#if HAVE_MYSQL_STMT_PREPARE || PDO_USE_MYSQLND
...snip...
                if (!(S->stmt = mysql_stmt_init(H->server))) {
...snip...
                if (mysql_stmt_prepare(S->stmt, sql, sql_len)) {