StarTrek はよくわからないのだが、
ちょっとした興味から宇宙暦用のモジュールを作ってみた

本題は、そこではなくて
参考にした fml/proc/libstardate.pl にバグがあるのではないかということ。

ソースは cvsweb なりでみてもらうとして、具体的には、このあたりのバージョンから
  $fraction の表示がおかしくなってそうな雰囲気

ためしに
        $ perl -e 'print sprintf("%02.2s\n", 65432.10);'
        $ perl -e 'print sprintf("%02.2s\n", 6543.210);'
        $ perl -e 'print sprintf("%02.2s\n", 654.3210);'
とか実行してみると……

fml の ML やめちゃったので報告手段がわかりません。
まぁ、X-Stardate: の値なんて誰もチェックしないので直らなくても実害はないでしょう。
  # おせっかいな人がいたらよろしく(何
  ## バグじゃなくて仕様だったら elisp の実装直します

一応作ったのも晒しておく。
ftp://ftp.jeria.jp/pub/bdate/stardate.el http://www.jeria.jp/~unity/files/stardate.el

ホームディレクトリにコピーして ~/.emacs に
(if (file-exists-p "~/stardate.el") (load-library "~/stardate.el"))
とでも書いておけば使えると思う
  # emacs に依存している(== XEmacsでは動かない)部分がある
  # のは大目にみて欲しい

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