＞論文の翻案権が譲渡されることはないと言いたいのでしょうか？

私の知人の例を挙げただけです。
束としてでなく、個々の権利ごとに譲渡する・しないを決める例もある、
ということを言いたかっただけです。

必ずしも全てが包括的な譲渡ではない、と。

＞指名表示権

おぉう！仰る通り氏名表示権ですm(-_-)m
失礼いたしました。

＞著作者人格権

こちらも、ご指摘ありがとうございます。
端折ってしまってすみませんでした。
すでに言われていますが、要するに色々な種類があるよ（？）ってことが
言いたかったわけです。

＞論文の場合、著作権という「権利の束」全体を出版社に譲渡するのは普通のこと

それが普通のことかどうかは分かりませんが、私の周りで「論文」の著作権を
「束全体」でなく一部のみを出版社に譲渡した人はいます。
文学作品なら束ごと譲渡するかもしれませんが。

出版する権利や、検索・閲覧に供する（データベースに収録する）権利は
出版社が持つとしても、翻案権は著作者が持ち続けています。

また、著作権を全て譲渡してしまっても、著作者人格権は譲渡することはできません。

著作権と特許権は権利として別物です。
特許（発明）は技術的思想（アイデア）。
著作物は、その思想の表現（文章で表現したものが論文）。
論文をコピーしたとしても、その技術的思想たる発明を実施したことにはならない。
著作権を侵害することと、特許権を侵害することは全く異なります。

著作権というのは、「権利の束」。
一口に著作権といっても、公表権、指名表示権、同一性保持権、複製権、公衆送信権等々、
さまざまな権利があります。

学術論文は、他人に読んでもらってナンボ、他の論文にたくさん引用されてナンボだという
前提に立つなら、複製権や翻案権、公衆送信権などはフリーにしてもらいたい。

「フリー」といっても、許諾無くして自由に利用できるという意味であって、
別に報酬は払っても良いと思っています。
価格の程度にもよりますが。

抜本改正してもらいたいのになぁ。

ダウンロードについては、
「違法コンテンツと知っていながら」
「ダウンロードすること」
が違反の要件なんだから、一般ユーザーとしては、
「えーこのファイルが違法コンテンツなんて知りませんでしたー」
…で、逃げ切れてしまうのでは？罰則もないとのことですし。

ダウンロードじゃなくて、ダウンロードしたものの使用とかを
禁止するならわかるんだけど。だって、ただブラウザで表示させただけでも
「ダウンロード」なわけでしょ？故意にコンテンツを持ってくるのに限らず。
どこまで厳密にやるんだろう？