Chrome Frame対応サイト（かつIEに対応しないサイト）は
「IEで利用する場合は、Chrome Frameをインストールしてください」
として、素のIEユーザーを閉め出すかたちにするのだと思います。

全面Flashサイトの「Flash Playerをインストールしてください」みたいな感じで。

# Chrome Frameを名乗るマルウェアの氾濫だけが心配

とりあえず、Windowsは使えませんね。
ClamAV/Linuxも全コードを読んで、バックドアが存在しないことを確認しないとダメでは？

# オープンソースなら誰かが見つけるから安心！・・・ですか？
# ソースが公開されてなくても、パケットを監視すれば比較的簡単に分かることだと思いますが...。