タイトルは煽りです。
いまさらCMakeとNinjaを試してみました。
GNU AutotoolsにくらべてCMakeがとてもよいとはわたくしは言えないです。
GNU MakeにくらべてNinjaはとても（下の例では2.5倍）速いです。驚きました。

$ tar xf xtalgrowth-1.0.3.tar.gz
$ mkdir xtalgrowth-1.0.3/build-make xtalgrowth-1.0.3/build-ninja
$ cd xtalgrowth-1.0.3/build-ninja/
$ cmake .. -G Ninja
$ /usr/bin/time ninja -j6
[9/9] Linking C executable src/xtalgrowth
                0.13 real 0.23 user 0.11 sys
$ cd ../build-make/
$ cmake ..
$ /usr/bin/time make -j6
Scanning dependencies of target xtalgrowth
[ 11%] Building C object src/CMakeFiles/xtalgrowth.dir/PostScript.c.o
                  :
[ 88%] Building C object src/CMakeFiles/xtalgrowth.dir/parse_opt.c.o
[100%] Linking C executable xtalgrowth
[100%] Built target xtalgrowth
                0.32 real 0.31 user 0.23 sys
$ ninja --version
1.8.2

以上 http://loto.sourceforge.net/xtalgrowth/ で遊んでみた結果の報告でした。